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Sinopsis :
La película se desarrolla en el NEW Digital World, un mundo creado por Yggdrasill, la Computadora Host, como hábitat para los "Digimon Elegidos", un grupo de digimon escogidos por el "Proyecto Ark", para ser salvados de la destrucción del viejo Digital World a causa de que el Programa X fue ejecutado. Sin embargo, un grupo de digimon sobrevivientes, los "X-Digimon", quienes desarrollaron el Anticuerpo X para volverse inmunes al X-Program, lograron infiltrarse a este nuevo mundo.Los Caballeros Reales, dirigidos por Yggdrasill, tienen la misión de destruir a los "X-Digimon", quienes interfieren con los planes de éste. Mientras tanto, varios grupos rebeldes se forman por todo el NEW Digital World, para resistir los ataques de los Caballeros. En medio de todo esto entra Dorumon, un misterioso digimon, portador del Anticuerpo X, quien lleva el destino de todos los Digimon en sus manos.
Las cosas se complican cuando Yggdrasill decide pasar el Proyecto Ark a su segunda fase, que consiste en borrar a todos los digimon. Los X-Digimon y los Digimon elegidos se unen para luchar por sus vidas a toda costa.
En la batalla final por la supervivencia, hace aparición el legendario líder de los Caballeros Reales, Alphamon, desafiando a Yggdrasill y asegurando la existencia de todos los Digimon.
