Loki es una serie que gira en torno al Dios del Engaño de Marvel y que retoma su historia justo después de cuando éste se hace con el Teseracto en Vengadores: Endgame, la última película de la Fase 3 del Universo Cinematográfico de Marvel.

Tras este acontecimiento, Loki se encuentra con la Agencia de Variación Temporal (AVT), una organización burocrática que existe fuera del tiempo y el espacio, obligado a responder por sus crímenes que realizó contra la línea del tiempo y le da una opción: Ser eliminado de la realidad o ayudar a atrapar una amenaza aún mayor.

En esta nueva organización del universo Marvel, Loki conoce a Mobius, un agente de la AVT que le salva de su destino cuando le da la oportunidad de unirse a él para dar caza a una persona que intenta acabar con la Sagrada Línea Temporal, no sin antes mostrarle el futuro que tenía el Loki original y que éste desconoce totalmente.